A、出口加工区的功能的单一的加工为主；保税区的功能分为加工，贸易，仓储和展示。

B、退税政策方面，出口加工区对于国内原材料，物料等进入加工区视同出口，税务部门给予办理出口退税手续；对于保税我的国内货物，必须等货物实际离境后，才能办理出口退税。

C、对于国内税收政策：国家对于出口加工区的产品和应税劳务只征增值税，消费税；保税区内国家对应税劳务没有免税优惠。

D、成品内销政策：加工区内企业销往境内区外的贷物，按制成品征税；保税区内企业销往境内区外的货物，只有当内销成品完全由进口料件组成时，才按成品征税。